Sowohl die Testung als auch die Anwendung der Schwingungsmuster selbst sind vollkommen schmerzfrei. Manche Menschen beschreiben während der Sitzung ein angenehmes Kribbeln oder eine leichte Wärmeentwicklung, dies ist jedoch von Person zu Person unterschiedlich. Nebenwirkungen sind bei der Bioresonanzanwendung nicht zu erwarten, in manchen Fällen kann es jedoch kurzfristig zu einer sogenannten Erstverschlechterung kommen, die aber nach 2-3 Tagen wieder verschwindet.